Loin d’être exhaustives, cette page recensent quelques liens utiles afin de vous aider dans votre recherche, selon vos thématiques. Si vous connaissez des sites qui peuvent s’avérer utiles, n’hésitez pas a nous faire parvenir le lien.

Lien utiles relatifs aux protéines :

EXPASY

Site Web de Biologie Moléculaire du Swiss Institute of Bioinformatics (SIB). Ce serveur est dédié à l’analyse de séquences et de structures des protéines, et aux séparation sur gels d’électrophorèse bidimensionnels 2-D PAGE.Page d’accueil des outils pour l’étude du protéome

Les outils par description:
Identification et caractérisation de protéine:

AACompIdent qui identifie une protéine par sa composition en amino acides.
AACompSim qui compare la composition en amino acides d’une entrée SWISS-PROT avec toutes les autres entrées.
MultiIdent Outil permettant l’identification de protéines à partir du pI, de MW, de la composition en amino acides , de données de sequence tag et de cartographie peptidiques en MS. Une ou plusieurs espèce et des mots clés de SWISS-PROT peuvent aussi être utilisés dans l’interrogation.
TagIdent qui identifie les protéines avec pI, Mw, sequence tag, ou génère une liste de protéines proches d’un pI et Mw donnés.
FindMod qui prédit les modifications post-traductionnelles potentielles des protéines et les substitution simple d’acides aminés des peptides. Les masses des peptides mésurées expérimentalement sont comparées aux masses théoriques des peptides calculées à partir d’une entrées spécifiée de SWISS-PROT ou d’une donnée de l’utilisateur, et la différence de masse est utilisée pour mieux caractérisr la protéine intéressante.
PeptideMass qui calcule les masses des peptides and leurs modifications post-traductionnelles pour une entrée SWISS-PROT ou TrEMBL ou pour une séquence de l’utilisateur.
Compute pI/Mw qui calcule les pI and Mw theoretiques d’une entrée SWISS-PROT ou TrEMBL ou pour une séquence de l’utilisateur.

DNA -> Protein

Translate qui traduit une séquence nucleotidique en une séquence protéique.
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) et WU-BLAST: recherche d’homologies.

Recherche de profils :

ScanProsite qui scanne une séquence ou un profil et compare à PROSITE, SWISS-PROT et TrEMBL.

Analyse de la structure primaire :

ProtParam qui donne les paramètres physico-chimiques d’une séquence protéique (composition, pI, coefficient d’extinction , etc.).
ProtScale qui represente en échelle d’acides aminés (Hydrophobicité, autres paramètres conformationels , etc.).
RandSeq qui génére des séquences protéiques au hasard.

Structure tertiaire :

Swiss-Model est un serveur de modelisation automatique s’appuyant sur des connaissances de base acquises sur la protéine.
Swiss-PdbViewer est un programme d’analyse et de superpositions des structures 3D de protéines.
Alignement de séquence : SIM + LALNVIEW pour l’alignement de deux séquences protéiques avec SIM. Les résultats peuvent être visualisés avec LALNVIEW.

PROWL

Protein information Retrieval On-line World Wide Web Lab. Mis en place par les groupes de spectrométrie de masse de Rockefeller et de l’Université de New York.

Quelques outils:

Protein Identification
ProFound: Identification de protéine par comparaison d’une carte peptidique obtenue par digestion protéolytique avec la base données OWL par utilisation d’un algorithme Bayesian.
PepFrag: Identification de protéine par comparaison du profil de fragmentation de peptides obtenus par digestion protéolytique avec une base de données (simple interface).

      Exemples:
      1.information de fragmentation sur un peptide (simple interface)
      2.information de fragmentation sur deux peptides (simple interface)
      3.information à partir d’un profil peptidique et d’un peptide fragmenté (simple interface)
              4.information à partir d’un profil peptidique (simple interface)

UCSF University of California San Francisco

ProteinProspector (v 3.1.0): pour chercher dans les banques de données en partant de vos résultats obtenus en Spectrométrie de masse. (dirigé par Alma BURLINGAME, professeur au Départment of Pharmaceutical Chemistry.Les outils par description:

Programmes d’interrogation et de recherche dans les banques de données de séquences :

MS-Fit recherche à partir de données de cartes peptidiques en MS.
MS-Tag recherche à partir de données de fragments peptide sequence en MS.
MS-Edman recherche à partir de données de séquence par dégradation d’Edman par MS.

Programmes utiles en MS de Peptides / Protéines :

MS-Digest masses de peptides issus de digestion enzymatique de protéine.
MS-Product masses d’ions fragments de peptides.
MS-Comp composition en Acides Aminés à partir de la masse du parent et des ions immonium.
MS-Isotope profils isotopiques de peptides et de molécules organiques.

SEQNET, Daresbury Laboratory, Daresbury, Warrington WA4 4AD. U.K.

Home page www pour SEQNET (SEQuence NET work computer), la communauté académique de Grande Bretagne de biologistes moléculaires, fondée par le BBSRC.

Lien utiles relatifs aux lipides :

Lipid maps

Les laboratoires

Le Laboratoire de Spectrométrie de Masse Bio-Organique (LSMBO) de l’Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC) de Strasbourg

Le Dept of Chemistry and Applied Biosciences (DCHAB) de l’ETH Zurich

Le Laboratoire de Spectrométrie de Masse et Chimie Laser (LSMCL) de l’Université Paul Verlaine de Metz

Le Laboratoire de Spectrométrie de Masse de l’Université de Liège

Le Laboratoire de Chimie Analytique Bio-Inorganique et Environnement de l’Université de Pau

Le Laboratoire d’étude du métabolisme des médicaments (LEMM) duCEA de Saclay

Le Laboratoire Analyse et Environnement (LAE) de l’Université d’Evry

Le Laboratoire des Mécanismes Réactionnels (DCMR) de l’Ecole Polytechnique

Le Laboratoire de Spectrométrie de Masse des Protéines (LSMP) de l’Institut de Biologie Structurale (IBS) de Grenoble

Le Laboratoire de Spectrométrie de Masse de l’Institut de Chimie des Substances Naturelles (ICSN) de Gif-sur-Yvette

Le Laboratoire de Synthèse, Structure et fonction des molécules bioactives, groupe de spectrométrie de masse de l’Université Pierre et Marie Curie (ICSN) de Paris

Le Laboratoire de Spectrométrie de Masse Biologique et Protéomique (SMBP), ESPCI ParisTech

Le Laboratoire de Chimie Organique et Bioorganique – Réactivité et Analyse (COBRA), Université de Rouen, Mont-Saint-Aignan

Le Laboratoire de Spectrométrie de Masse des Interactions et des Systèmes, CNRS-Unistra, Université de Strasbourg

 

 

Certaines formations existantes:

La formation Master Protéomique de l’Université de Lille 1.

 

Organismes internationaux et nationaux:

European Society for Mass Spectrometry
International Mass Spectrometry Society
Société Française de Spectrométrie de Masse
Société Française d’Electrophorèse et d’Analyse Protéomique
American Society for Mass Spectrometry
Australian and New Zealand Society for Mass Spectrometry
Belgian Society for Mass Spectrometry
Brazilian Mass Spectrometry Society
British Mass Spectrometry Society
Canadian Society for Mass Spectrometry
Chinese Mass Spectrometry Society
Czech Mass Spectrometry group
Danish Society for Mass Spectrometry
Dutch Society for Mass Spectrometry
Finnish Mass Spectrometry Society
German Mass Spectrometry Society
Hong Kong Society of Mass Spectrometry
Indian Society for Mass Spectrometry
Irish Mass Spectrometry Society
Italian Mass Spectrometry Society
Mass Spectrometry Society of Japan
Norwegian Society for Mass Spectrometry
Polish Mass Spectrometry Society
Russian Mass Spectrometry Society
South African Association for Mass Spectrometry
Spanish Society for Mass Spectrometry
Swiss Group for Mass Spectrometry

Pages diverses:

The Analytical Chemistry Springboard : A comprehensive list of analytical chemistry resources on the Internet.
Yahoo: Spectroscopy : The science/chemistry/spectroscopy page of the Yahoo Index.
American Chemical Society Division of Analytical Chemistry : ACS Division of Analytical Chemistry home page.
American Physical Society : Home page of the APS includes meetings and APS News Online.
i-mass.com : International mass spectrometry web resource.